המועצה האקדמית משמשת כרשות האקדמית העליונה של המרכז האקדמי שערי מדע ומשפט.
בין תפקידי המועצה- שמירה על המצוינות המדעית וההוראתית של שערי מדע ומשפט.
כל הגופים האקדמיים של שערי מדע ומשפט מחויבים להחלטות המתקבלות ע"י המועצה, שפועלת על פי עקרון החופש האקדמי ובמסגרת תקנון עמותת שערי מדע ומשפט.
רשימה נכבדת של מדענים ומשפטנים מהשורה הראשונה מרכיבים את המועצה ותורמים מזמנם ומרצם להצלחת המרכז והסטודנטים הלומדים .
חברי מועצה אקדמית הם:
פרופסור אביעד הכהן-יושב ראש
פרופסור איילת בלכר פריגת
פרופסור ישראל גלעד
פרופסור חיים וקסמן
פרופסור מיכאל טל
פרופסור יעקב סוסנה
פרופסור שמואל סטשבסקי
פרופסור אליאב שוחטמן